Lịch sử đã ghi nhận rằng cây được trồng trong hỗn hợp không có đất chỉ gồm cát và sỏi đã xuất hiện từ rất lâu, vườn treo Babylon, vườn nổi Aztec Mexico là những minh chứng điển hình của vườn thủy canh. Các nhà sử học đã phát hiện ở Ai Cập những chữ tượng hình mô tả việc trồng cây trong nước được để lại khoảng vài ngàn năm trước công nguyên.

Vào năm 1937, nhà khoa học W.F. Gericke là người đầu tiên sử dụng thuật ngữ hydroponics nhằm mô tả hình thức canh tác trong dung dịch nước đã hòa tan các chất dinh dưỡng. Với phương pháp canh tác này, cây trồng được cung cấp những chất dinh dưỡng cần thiết cho sự sinh trưởng và phát triển của cây.

Trong chiến tranh thế giới thứ II, thủy canh được quân đội Hoa Kỳ sử dụng trên một số quần đảo Tây Thái Bình Dương để cung cấp rau sạch tươi cho quân đội mà đất đã bị ô nhiễm do chiến tranh (Eastwood, 1947). Từ thập niên 80, kỹ thuật thủy canh đã được ứng dụng để sản xuất rau quả (Elliott, 1989) và hoa (Fynn và Endres, 1994) có giá trị thương mại đáng kể.

Với sự mở rộng của sức mạnh khoa học, không có tổ chức nào tốt hơn NASA đã chứng tỏ một cách khách quan tính ưu việt của phương pháp thủy canh. Nhiều người hiện nay tin rằng canh tác bằng phương pháp thủy canh là "tương lai" của nền nông nghiệp hiện đại.